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stMMR

• 标题：stMMR: accurate and robust saptial domain identification from spatially resolved transcriptomics with multimodal feature representation
• 作者：Shandong University
• 发表会议/期刊：GigaScience
• 年份：2024
• 链接：stMMR

主要内容简介

• Motivation:
  融合多模态困难，多模态数据间具有显著异质性，而且在数据尺度和分辨率上存在差异

方法与创新点

• 总体框架：
  3 steps: multimodal feature embedding, feature fusion, and feature reconstruction
  

• 方法概述：

  1. Multimodal feature embedding

     • gene expression: $ G \in \mathbb{R}^{n \times p} $ (n spots, p genes)

     • histological image: $ H \in \mathbb{R}^{n \times m} $ (m image features)

     • spatial location: 如图构建无向加权图
       

     • 2层GCN编码器进行图像特征H 和 基因表达特征G 的消息传递与聚合($E^0=H, E^0=G$,输出$E_H和E_G$)：
       

任务

完结撒花